La implantación del Plan Proa se inició de forma experimental en el último trimestre del curso 2004-2005, en aquellas comunidades autónomas que así lo decidieron y en las ciudades de Ceuta y Melilla. Participaron 143 centros escolares con un gasto de 356.500 € para dicho periodo, de abril a julio.
En el curso 2006-2007, se extendió a todas las Comunidades Autónomas, ampliándose el número de centros en los que se desarrollaba alguno de los programas del Plan y el presupuesto destinado a sufragar los gastos que se derivan de su aplicación.
Hasta el año 2010, el Ministerio de Educación financió el Programa con 190.639.335 euros. En el año 2011, la aportación del Ministerio de Educación ha sido de 59.700.000 euros.
En la actualidad, en el curso 2011-2012, se desarrollan programas del Plan Proa en 4.236 centros educativos de Educación primaria y de Educación secundaria - distribuidos entre las diferentes comunidades autónomas y las ciudades de Ceuta y Melilla.
